M. tuberculosis es una bacteria fisiológicamente resistente a la mayoría de los antibióticos debido fundamentalmente a la típica estructura lipídica de su pared celular que actúa como barrera permeable únicamente a solutos hidrofílicos.
La resistencia a los fármacos antituberculares se produce como consecuencia de la aparición de mutaciones espontáneas en el interior de su genoma.
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