La Rifr ha sido atribuida a mutaciones puntuales, inserciones y deleciones en una región limitada del gen rpoB que codifica a la subunidad ß de la ARN polimerasa7,8.
Por lo menos 95% de los aislamientos para Rifr tienen mutaciones en este gen9,10. Estas mutaciones asociadas con resistencia fenotípica a rifampicina son generalmente localizadas en una región de 81 pb con mutaciones en los codone Ser-531, His-526 y Asp-516.
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